馬英九總統26日參訪雲林科技大學的綠能研發成果，百餘民眾在校門口對面集結呼口號，抗議中央治水經費不到位，數度想衝入校園但被警力攔下，中午總統車隊從側門離去，幾名民眾堵人不成，憤而朝校門丟鞋。

26日參訪是彌補5月20日馬就職總統5周年因豪雨臨時取消的行程，警方風聞有人要丟鞋抗議，特地準備網子攔截鞋子。

相對於在雲林科技大學遭民眾抗議，雲林教養院生給予他滿滿溫暖，獻花、玩遊戲，還送畫作，天真的院生甚至要請他吃牛排，逗得馬總統樂不可支說「我請你吃好了」，並送加菜金。