二戰時，侵華日軍建多支生化部隊，最為臭名昭著的包括731部隊和516部隊，該兩支部隊均對中俄朝鮮戰俘等進行大量人體實驗，並將細菌武器、化學武器應用於戰事。戰敗後，日軍有系統地銷毀相關證據，並對研製化武的罪行避而不談。

防疫為名建731部隊 研細菌武器

日軍以研究病原體以制定防疫政策的名義，建立「關東軍防疫給水部」(即731部隊)，實質上是藉人體實驗研發細菌戰武器，受害者估計數以千計。日本1945年戰敗前夕，隊長石井四郎下令炸毀所有主要建築物和燒毀大部分絕密資料，並殺死300多名中國試驗目標。

但相關證據陸續曝光。2001年日本國立國會圖書館發現前731部隊軍醫金子順一的論文集，表明1940至1941年間日軍曾分別在中國吉林、浙江及湖南多地投下細菌，造成千計人受感染。中國中央檔案館2014年亦公開戰犯�雁鴩q夫的認罪書，後者承認曾為發動細菌戰作準備，培養細菌分量足以將當地中蘇盟軍甚至平民全部「�珝嚏v。

516部隊關人畜同室 研毒氣效果

516部隊1939年設於黑龍江的齊齊哈爾。據中國軍網報道，1940年5月至7月，關東軍曾在內蒙古及黑龍江等地使用516部隊研製的毒氣彈，致殘致死過百平民。516部隊也曾進行活體實驗，把活人同鴿子、土撥鼠、狗和雞等動物關在玻璃屋內輸送毒氣，檢測毒氣效果。最後516部隊撤離時，大部分設備和毒氣彈被分散埋在地下或投入河中。本世紀初，齊齊哈爾市多次發掘出被遺棄的炮彈和毒氣彈，數十人曾因化學毒劑泄漏中毒。