中國科學院南海海洋研究所研究員徐向榮做過研究，孔雀石綠的重要致癌物是其在進入生物機體後，通過生物轉化，形成脂溶性代謝產物隱性孔雀石綠，其毒性遠超孔雀石綠。「科學研究已證實這類化合物分子進入人體後，能破壞DNA從而引起細胞癌變。」徐向榮等人在《熱帶海洋學報》上發表的「水產品中殘留孔雀石綠研究進展」中表示。　不僅如此，研究還已證實，無色的孔雀石綠還能誘發甲狀腺細胞腫瘤的生成。

「氾濫的原因還是孔雀石綠價格低廉，同時治療效果顯著。」周卓誠說，在養殖環節，孔雀石綠的主要使用方法是潑灑，平均成本極低，每立方米水僅需成本0.7元。

範守霖等專家則認為，國家對孔雀石綠的銷售和購買並沒有限制，僅有的魚樣抽查監管模式並不能堵住所有的「漏網之魚」。涉及養殖、運輸、售賣多個環節，即使抽查到了下遊的魚販或貿易企業，也難以完成問題水產品的溯源監管，孔雀石綠的真正禁用難以實現。

對於孔雀石綠，周卓誠表示並不是沒有替代品。上海海洋大學曾公開一種專門替代孔雀石綠的藥品，名為「美婷」，其成本與孔雀石綠相當。

但周卓誠表示，這個藥品並沒推廣開來。

今年8月，國務院食品安全辦、工業和信息化部、農業部、國家衛生計生委、食藥監總局聯合制定《畜禽水產品抗生素、禁用化合物及獸藥殘留超標專項整治行動方案》明確提出，對於孔雀石綠等具有抗生素功能的禁用化合物，要建立實名購買和流向登記制度，實施嚴格管控。