中國政府建立「自治、自養、自傳」的「三自」制度後，基督宗教仍經歷包括文革在內的多次打壓。即使如此，基督宗教仍在數十年間迅速發展，尤其是游走在灰色地帶的「家庭教會」也悄然壯大，甚至有預測未來20年間，中國的基督徒人數可能超過共產黨員。綜合國內外著名宗教學者的分析，因為「西方有神論與共產黨無神論意識形態相左」和「教會組織性強」兩個原因，基督教一直被中國政府視為共產黨政權的威脅。

中國政府對境內基督宗教迅速發展的擔憂，在歷來官員發言、文章中多有體現。國家宗教局前局長葉小文在2011年一篇專門分析「中國宗教問題」的文章提到﹕「世界範圍民族、宗教問題危機引發的社會動亂、加劇政治演變、挑起民族衝突、造成國家分裂方面的政治作用正在增長。國際敵對勢力要利用民族、宗教作為對我國進行『西化』『分化』的突破口，國際宗教反動勢力也力圖趁機『重返中國大陸』。各部門應就抵制國外宗教敵對勢力滲透，進行長期、積極的配合，打整體防禦戰。」

意識形態錯誤 基督宗教「原罪」

對此，中國人民大學哲學院副教授曹南來認為「意識形態錯誤」是中國基督宗教的「原罪」﹕「基督教的有神論跟中國共產黨的無神論，本身就有意識形態的鬥爭。再加上現在『反西方敵對勢力滲透』的主旋律，普遍興盛於歐美的基督教，被政治化為『西方思想』的象徵物。」他又補充，東歐共產黨因基督宗教興盛而最終消亡的歷史教訓，讓中國政府擔心國內的基督宗教發展，會衝擊中國社會主義的意識形態，引發顏色革命(詳見另稿)。

美學者：組織性強 當權者警惕

在眾多「有神論」的宗教中，為何基督宗教歷來受到尤其嚴苛的打擊呢？美國普度大學中國宗教與社會研究中心主任楊鳳崗解釋，是因為基督宗教相較於佛教、道教，講究以教會為基礎的團契，教徒聚到一起禮拜、讀《聖經》，教會成員互為手足，這種組織性強的特徵，讓當權者十分警惕，「其實你信什麼沒關係，信仰是你個人的事，但你組織起來，當局就覺得是威脅，有組織就是要跟當局爭權力」。

「倘成群體事件 恐變第二個佔中」

曹南來亦同意，中國政府真正擔心的不是直接的宗教問題，而是基督教會上千人規模的組織能力，「溫州的家庭教會首領，一般被稱作『司令』，他們有的跟政府關係密切，但也有部分反政府的，勢力龐大，隨時可以『調動千軍萬馬』，若演變成群體事件，恐怕變成第二個佔中」。

除此之外，當局憂慮的另一個重要因素，是基督宗教這數十年在中國迅猛的發展之勢。楊鳳崗研究發現，在新中國成立初期1950年，有大約100萬名基督教徒(此處特指基督新教)，而即使經歷文革全面禁止所有宗教的打壓時期，至2010年基督教徒已迅速增長至5,800萬人，錄得近7%年增長率。楊鳳崗據此估算，到2030年中國境內的基督教徒會達到約2.24億，佔屆時中國總人口16%，人數甚至會超過美國，成為世界擁有最多基督徒的國家。

基督宗教成「重建道德動力」

楊鳳崗進一步指出，基督宗教能在現代中國快速發展的原因有二，一是農村人民公社解散、城市國企單位制度瓦解，導致人們日常生活所需的「組織」缺位，而基督宗教的「團契」則正好補充了這個社會功能；另一原因是人們普遍對共產主義思想失去信心，處於信仰真空狀態，而社會上又發生很多道德倫理混亂的事件，這時基督宗教又提供了一個重建道德的內在動力。

然而，對上述學者的預測，內地《環球時報》引述葉小文的批評指「預測的方式和方法本身就不科學，明顯存在誇大的成分」，又指出同期中國社科院首次發布全國基督教徒只有2,305萬人。