中藥的產生源遠流長，距今已有數千年的歷史。《神農本草經》收錄藥物(包括動物、植物、礦物)達365種，明代李時珍《本草綱目》所記載的藥物達1892種。中藥稱謂雖屬神奇，但考究其名來歷，都有它的歷史性、科學性和藝術性。中藥命名的主要方法有多種，有以藥物生長和時間、產地、人名、形態、顏色、氣味、入藥部分、特性功用、民間傳說故事、外來藥物、因避俗雅化而命名等。下面介紹各種命名方法的原則及其代表藥物。

以產地命名。在藥名前標識產地、生長環境等字樣。如高良薑，陶弘景云：「此薑始出高良郡，故得此名。」再如代赭石，《名醫別錄》曰：「出代郡者，名代赭。」李時珍云：「赭，赤石也。代，即雁門也。」其他如巴豆生巴郡川谷，阿膠出山東東阿，黨參出山西上黨，信石出於信州，象貝產於浙江象山；海藻、海馬、海螵蛸皆產於海；石韋、石斛、石菖蒲都長於石；地栗、地榆、地膚子並生於地，這些藥物都具有生長環境的標記。

以時間命名。如迎春花，因早春開花，故得其名。冬蟲夏草因其冬為蟲、夏為草，成蟲體與菌座相連而得名。冬青子因冬季採摘其成熟果實而得名。萬年青因四季常青而得名。

以形態命名。如牛膝，南朝梁陶弘景《本草經集注》云：「其莖有節，似牛膝，故以為名也。」又如貫眾，明代李時珍《本草綱目》云：「此草莖葉如鳳尾，其根一本，而眾貫之，故草名鳳尾，根名貫眾。」

以人名命名。如活血通經藥劉寄奴，「相傳南朝宋高祖劉裕，小字寄奴，早年微賤時於山中砍伐荻草，遇一大蛇而射之，蛇遁去。明日往尋之，聞榛樹林中有杵臼聲，見青衣童子數人在搗草藥，且云其主被劉寄奴射傷，搗藥為之敷傷。劉上前叱散之，收取草藥而返。後遇金瘡敷之即癒。後人因稱此草為劉寄奴。」此故事記載於《南史．宋武帝本紀》，《本草綱目》卷十五「劉寄奴草」亦收錄。又如驅蟲藥使君子，相傳北宋年間潘州郎中郭使君精通醫道，樂於救助窮苦百姓，無意中發現這種果實能治療小兒蟲積、疳積，後醫家便稱此藥為「使君子」。還有如何首烏，因順州何田兒老來無子，服用此藥後老來得子，壽皆百餘歲，故將此藥取名「何首烏」。似此以最先發現或使用者的姓名作為藥名的中藥還有不少，如徐長卿、杜仲等。

以顏色命名。中藥各自具有天然的顏色，因此藥物的顏色就成為藥名的來源之一。如漏蘆，《本草綱目》云：「屋之西北黑處謂之漏，凡物黑色謂之盧。此草秋後即黑，異於眾草，故有漏盧之稱。」如青色的有大青葉、青蒿、青黛、青果、青礞石等；紅色的有紅花、赤芍、丹參、紅棗等；黃色的有黃柏、黃連、黃芩、蒲黃等；白色的有白芷、白術、白薇、白及等；黑色的有黑豆、黑醜、黑芝麻等；紫色的有紫草、紫花地丁等。以氣味命名。按氣命名者，如木香原名蜜香，《本草綱目》云：「因其香氣如蜜也。」而臭梧桐、魚腥草則因其特殊之氣而得名。

據味命名者，有酸味的酸棗仁，苦味的苦參，甜味的甘草，辣味的細辛，鹹味的鹹秋石等，皆以味而得名。又有五味子，《新修本草》云：「皮肉甘酸，核中辛苦，都有鹹味，此則五味具也。」麝香、沉香、茴香、藿香及降香均以香味而得名。

中藥「金牛膽」，形似牛膽，色金黃，味甚苦，兼以形、色、味三者命名。

以入藥部位命名。植物以根入藥的有葛根、山豆根(根及根莖)等；以藤入藥的有海風藤、大血藤、夜交藤、雞血藤等；以木質部分入藥的有蘇木等；以皮入藥的有陳皮、五加皮、地骨皮等；以葉入藥的有艾葉、蘇葉、淡竹葉、側柏葉等；以花入藥的有菊花、玫瑰花、旋覆花等；以種子入藥的有馬錢子、葶藶子、白芥子等；以礦石入藥的如朱砂、赭石、滑石等；以動物某部位入藥的有蟬蛻、地龍、鱉甲、龜板、鹿茸等。

按功用命名者，如骨碎補，唐代陳藏器《本草拾遺》云：「骨碎補本名猴薑，開元皇帝以其主傷折，補骨碎，故命此名。或作骨碎佈，訛矣。」如益母草，清代張秉成《本草便讀》云：「益母草消疥化水，是其所長。以產婦必有癖濁停留，此物能消之化之，邪去則母受益，故有益母之名。」其他如尋骨風祛風邪，伸筋草舒筋絡，決明子明眼目，合歡安神誌，防風禦風寒，皆以功用得名。

按特性、功用命名者，莫如王不留行。此藥通經下乳之力特強，李時珍釋曰：「性走而不住，雖王命不能留其行，故名。」但王不留行還有斂、守之性，《本草經》言其有「止心煩、鼻衄」之功。如此，藥名含義當為「王不留」、「王不行」，分別針對經閉、乳少、難產與鼻衄、金創出血，則藥之雙向「主治功力，其可迎刃而解」。此說法詮釋了寓於藥名中的特性及雙向治療作用，反映了古人對藥物認識的進步。