在廣東自貿區的三個主要園區前海、橫琴和南沙中，廣州南沙的面積最大，也集中了最多的交通樞紐，早在國家批建廣東自貿區之前，就喊出了「打造國際航運中心與物流中心」的口號。有學者指出，南沙航運中心的定位，未來可能與香港的貨運業競爭，但在航運相關產業上，卻與香港有大量的合作空間。明報記者 麥俊 南沙報道
南沙新區位於廣州市的最南端，與東莞虎門僅一條珠江之隔。在成為廣東自貿區一部分之前，南沙在2012年就成為了繼上海浦東新區、天津濱海新區、重慶兩江新區、浙江舟山群島新區及甘肅蘭州新區之後的第六個國家級新區。南沙新區落成2年多，南沙的定位包括優質生活區、生產服務業、綜合服務樞紐等。去年省委書記胡春華曾要求「進一步明晰南沙新區的定位」。今年新到任的廣州市委書記任學鋒在南沙視察時又指出，南沙要「打造國際航運中心和物流中心」。
廣州中山大學港澳珠三角研究所教授鄭天祥認為，南沙目前最成熟，最有條件的發展方向，也正是航運與物流。他說：「任學鋒一到廣州，就提了把南沙打造成國際航運和物流中心，過去中央總是強調，提法不能與香港競爭，上海也壓了很久才提航運中心。」
《時代周報》引述南沙區政府的一份內部刊物顯示，2014年，廣州港預計可完成貨櫃運輸量1658萬個，其中，南沙港區貨櫃運輸量預計可達1100萬個標準貨櫃(TEU)。數據顯示，過去5年南沙港貨櫃吞吐量高速增長，且南沙港第三期工程已在建設尾聲，即將投產。根據香港港口發展局數據，香港2014年度前11個月，貨櫃吞吐量為2043萬個，但過去3年一直未見顯著增長。
鄭天祥指出，南沙港目前已經挖到13米深，深度將最終達到19米，超越香港葵青貨櫃碼頭航道的15米。此外，南沙港以泛珠三角為腹地，位於珠江上游，比深圳和相關地區都更接近出口的貨源。
他說，目前南沙港與香港尚未形成正面的競爭關係，但自貿區成立後情况可能有所改變。南沙港的貨運中，對內貿易貨品佔70%左右，深圳、香港的港口則以外貿貨為主。但廣東自貿區成立後，港口將有政策優惠，加上國家對海上絲綢之路戰略的啟動，南沙向東南亞、非洲等地的出口量將會大量增加。
廣州社科院政治學研究員彭澎稱，與香港一樣，南沙港的腹地同樣也是珠三角地區，且南沙港位於珠三角的地理中心，在人力成本、土地成本上有明顯優勢，與香港形成競爭關係。
而南沙作為航運中心的另一重要支柱，是航運金融，其與香港的合作關係則更為顯著。2012年新區落成後不久，廣州航運交易所落戶南沙。鄭天祥指出，南沙有造船和航運基礎，且吞吐量大，而香港有海洋法、國際仲裁等經驗，兩者優勢結合，可以建設國際航運中心。隨着中國在全球海上貨運量所佔份額的上升，中國希望通過在航運指數等各方面的努力，在國際航運中掌握更多話語權，打破長期被西方壟斷的局面。
遊艇也被認為是另一個具發展潛力的領域。霍英東集團的南沙遊艇會已經有300多個遊艇停泊位，鄭天祥說，自貿區獲批後，遊艇有望可以持一個牌照自由往來香港和南沙，使遊艇業快速發展，南沙也有望開闢前往馬爾代夫、芭堤雅等地的航線。
鄭天祥指出，與橫琴、前海相比，南沙用地面積最大，有更多規劃的可能。南沙位於省會城市廣州，在傳統上與泛珠三角其他地方有更深入的交流。此外，南沙還有更集中的高鐵、公路、水路交通網絡，並將配有專門的商業機場，交通更為便利。
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