對於人體表皮上「五花八門」的細菌，一般的清潔或許可以洗掉一些存在表面的細菌，但它們絕大多數都存在皮膚角質層的間隙當中。
皮膚的角質層為一層已死亡的細胞所構成，角質層提供了人體最外層的防護，另外角質層以下的活細胞層存在有「朗格罕細胞」，它是免疫系統防衛的前哨站，「朗格罕細胞」會伸出長長的樹突偵測入侵的細菌，一旦偵測到細菌入侵就會啟動免疫反應，通知白血球前來將細菌吞噬。也因此「朗格罕細胞」構築出一道鮮明的防線，使皮膚表層的角質層自成一個生態系。
角質層提供了微生物棲息的環境，事實上這些死亡的角質細胞也就是細菌的營養來源。雖然有些細菌會引起疾病，但一般來說，這些細菌大部分都可以和人體和平共處，就像是人體的一部分。
無害的好菌會排擠引起疾病的壞菌，甚至會分泌天然的抗生素來對抗壞菌捍衛自己的生存空間，使壞菌無從做大，因此大多數無害細菌也協助人體的防衛。而皮膚上的細菌以角質與皮膚分泌物為食物，事實上也等於説明清潔皮膚，只是這種天然的清潔效果，並不能滿足于文明進化後人類的感官。
「就像腸道的有益菌群一樣，皮膚上的有益菌也能夠説明保護我們的肌膚免受感染。」諾維奇醫學院的微生物學家、高級講師蘿拉•伯沃特說。有研究已經指出，過度清潔皮膚而導致其非常乾燥甚至造成濕疹，會引發皮膚問題，比方說膿皰病或者造成感染。
皮膚上的細菌雖然大部分時間都與人體和平共處，但也不是完全無害，以大家所熟知的金黃色葡萄球菌為例，金黃色葡萄球菌是可怕的蜂窩性組織炎的元兇之一，但也是人體皮膚和黏膜上的「正常菌叢之一」（人體健康情況下就會存在的細菌族群），平時致病力很低，只有在人體免疫力較弱或有傷口的情況下才會侵入體內。另外此類細菌會分泌「葡萄球菌壁脂酸」的化學物質，這種化學物質會抑制表皮的發炎反應，使皮膚較不容易敏感也不容易過敏，卻不會影響角質層以下的免疫系統正常運作。
一般的身體清潔確實可以移除病菌，但它同時會移除對抗疾病的好菌，因此避免過度的清潔也是保持健康的做法。所以有研究顯示，一般工業化發達的社會，人們的皮膚過敏、容易發炎的比例有較高的趨勢，按推測這可能與過度清潔或環境中接觸到較少的微生物有關。
此外，為了美容而過度去角質，會使角質層變薄，增加細菌入侵的機會，也會增加皮膚敏感的風險，所以在愛美的同時，也要注意去角質的頻率不要太高。
