傳染源的入侵會觸發人體的免疫系統，人體的免疫系統可分為：

(一)先天免疫系統(Innate immunity、又稱為非特異性免疫、固有免疫、非專一性防禦等)

(二)後天性免疫(Adaptive immunity、也稱獲得性免疫、適應性免疫、特異性免疫、專一性防禦等)

先天性免疫系統包括一系列細胞和相關機制，是與生俱來的，有效的運作是不倚賴曾經接觸過傳染源，不需辨認入侵者而能立刻作出適當的反應，以非特異性(non-specific)的方式抵禦外來感染，先天免疫系統的細胞會非特異地識別並抗拒病原體。

先天免疫系統有一系列的第一線屏障、阻止傳染源的入侵和繁殖，包括：

(一)物理性屏障(Physical Barriers)

物理性屏障阻物止傳染源入侵人體，包括：

(甲)皮膚：人體最大的物理屏障是皮膚，有最大的表面面積及遮蓋身體大部份外表面；

(乙)口、呼吸道、消化道和泌尿道的黏膜；

(丙)支氣管的纖毛：組成一個黏液纖毛運輸工具將致病源從呼吸道排出。

只要這層物理性屏障沒破損，絕大部份傳染源不能入侵人體，但一旦這層屏障破損(例如皮膚割傷或燒傷等)，受感染風險便會提升。

(二)生理性屏障(Physiological Barriers)

對入侵的致病源作出生理反應，將它們排出人體外，包括：

(甲)嘔吐和腹瀉(將致病源排出消化道)；

(乙)打噴嚏和咳嗽(將致病源排出呼吸道)。

(三)化學性屏障(Chemical Barriers)

(甲)身體部份位置的酸鹼值(pH value，由1至14度，7度為中性，數字愈低代表酸性愈高、數字愈高則代表鹼性愈高。)

人體大部份部位的酸鹼值是7.4：

● 皮膚的酸鹼值是5.5、

●胃液的酸鹼值是1至3、

●陰道的酸鹼值是4.4、

●尿液有調節人體酸鹼值的功能，所以酸鹼值會隨實際情況而有不同，平均是6、但介乎4.5與8都屬正常。

這麼低的酸鹼值(酸度)令傳染源難於生存，尤其是胃液的酸度也會將傳染源的蛋白質的性質改變。

(乙)抗菌分子(antimicrobial molecules)：人體多個器官和組織含抗菌分子，可將傳染源殺死，包括：淚水、唾液和黏膜所含的免疫球蛋白A(Immunoglobulin A、簡稱IgA)；皮脂、汗液和尿液所含的溶菌?(Lysozyme)；黏膜所含的黏液；上皮細胞所含的β-防禦素(Beta-defensins)；消化道所含的胃蛋白?(Pepsin)等。

(四)生物性屏障(Biological Barriers)

對抗傳染源的生物性屏障主要是人體內正常的細菌菌群(bacterial flora)，牠們是不會致病的微生物，存活在人體多個具戰略性的位置：與外界環境接觸的位置，包括鼻咽、口腔、喉嚨、皮膚、消化道、陰道等。

牠們與可致病的細菌和病毒為附?位點(attachment sites)和資源等競爭及甚至可能會製造抗菌化學物質等，牠們也會為人體製造必須的維他命(例如維他命K和維他命B12)等。