據台灣傳媒報道，列車自動保護系統(Automatic Train Protection，ATP)事發前因故障而關閉。專家指出，有可能是因為系統關閉後，列車過彎超速，最終出軌釀成意外。

有逃離車廂的乘客表示，事故發生前就已經聽到廣播說列車有異常，但仍保持行駛狀態。坐在未有翻側車廂內的乘客說，列車未抵達宜蘭前曾多次緊急剎車，當時見到列車熒幕顯示略有異常，且聽到奇怪的異聲。另外有指，當時列車的速度非常快，出事車廂甚至閃出火花。

「傾斜式」車種遭質疑

台灣《聯合新聞網》報道，台鐵內部人員透露，行經冬山站時，列車自動保護系統因故障關閉。ATP是列車超速防護系統，為列車超過規定速度時即自動制動的系統，關閉等於完全交由司機操作。

台灣鐵道暨國土規劃學會副理事長任恆毅表示，新馬站轉彎半徑有400米，列車出軌因素可能源於人為疏失、列車故障、軌道因素。若證實ATP意外關閉，超速過彎便成為最有可能導致出軌的原因。任恆毅指，根據車上乘客陸續轉述，事發列車曾多次緊急剎車，有可能因此導致關閉ATP，改由駕駛員控制速度。普悠瑪列車雖然是「傾斜式」車種，但若遇到長彎道，也需減速至60到70公里，否則恐生危險。