相較於國民黨主政時期內閣成員無一民進黨人，民進黨新內閣的37名閣員中，無黨籍人士23人，佔了大多數，內閣中還有3名國民黨人。也算初步實踐了行政院長林全當初承諾的要跨黨派、用人唯才的格局。國民黨則稱將考慮撤銷入閣黨員黨權。

37閣員 23人無黨籍

在林全內閣名單中，外交部長李大維、國防部長馮世寬，以及退輔會主委李翔宙3人是國民黨員，此外，還有多名閣員也曾經是國民黨員。包括陸委會主委張小月，在國民黨當年辦理黨員重新登記時未重新登記，而海巡署長李仲威、勞動部長郭芳煜、財政部長許虞哲、金管會主委丁克華更是「失聯」(長期不繳黨費)國民黨員。

8年前國民黨重新執政，劉兆玄內閣中有26人是國民黨籍，比例達63.4%，還有14名無黨籍，內閣中並無民進黨人。當時破天荒延攬台聯黨籍的賴幸媛入閣擔任陸委會主委，但由於台聯無法接受賴幸媛入閣，她在入閣後5個月主動退黨，此後一直為無黨籍。

對於有國民黨員出任林全內閣，國民黨中常委稱「應嚴正黨紀」，該黨文傳會主委周志偉月初曾稱，將由考紀會與入閣黨員聯繫，建議以「自辦停權」方式，暫停黨權後再入閣。若入閣黨員不願配合，將考慮撤銷或停止其黨權。國民黨表示，對於黨員加入非執政政府團隊服務，堅持要採「黨進黨出」(即黨與黨協商)原則，否則就希望循「唐飛模式」處理。2000年民進黨籍陳水扁當選總統後，曾邀請時任國民黨政府國防部長的唐飛組閣，唐飛在徵得國民黨同意後申請停止黨權，以個人名義出任扁政府首任閣揆。