方舟子毫不掩飾對已故作家魯迅的崇拜，稱魯迅對社會的洞察力和批判精神，讓其受益，「他對中國社會的批判，讓我很佩服。中國都講以和為貴，魯迅不是這樣的人，在性格方面，我跟他很像」。

在美國博士後研究結束後，方舟子選擇以科普寫作的自由撰稿生涯。「科學精神是求真。」方舟子表示，在為人處事上，自己不是以和為貴的人。

在網上，方舟子常以偏執形象示人，發言以尖酸、刻薄著稱。

「中國司法太腐敗」

與其論戰的人中，除內地有名的電視主持人崔永元和錘子科技創始人羅永浩外，還包括沙士英雄鍾南山醫生、企業界名人李開復和唐駿、法律學者賀衛方、社會學者于建嶸、青年作家韓寒、明星王菲等。不過，方舟子卻極少批評黨政當局。維護中共的何祚庥、孔慶東、司馬南、吳法天等人，都與方舟子交好。因此，方舟子被貼上了「黨國鷹犬」的標籤。

「我不是沒批判體制。」方舟子解釋稱：「批評政治體制沒有門檻，沒有技術含量。我要做些實在的工作，做別人做不了的有門檻的工作。」他說，多年來，自己打了10餘宗官司，「中國的司法太腐敗，我的親身遭遇，就是為這種司法不公正留下一份很荒唐的紀錄」。