比特幣發布以來亦並非一帆風順，時有被黑客入侵情況發生，造成用戶損失。

●2011年6月19日，Mt.Gox(Magic: The Gathering Online Exchange的縮寫)比特幣交易中心被黑客盜用用戶證書，從而把比特幣轉到私人帳號上進行拋售，導致1比特幣價格一度跌至1美仙；相當於超過875萬美元的帳戶受到影響。

●2011年7月，世界第三大比特幣交易中心Bitomat的運營商宣布：記錄1.7萬比特幣(約合22萬美元)的wallet.dat文件的訪問權限丟失。

●2011年8月，作為常用比特幣交易的處理中心之一的MyBitcoin宣布遭到黑客攻擊，並導致關機。涉及客戶存款的49%，超過78000比特幣(當時約相當於80萬美元)下落不明。

●2012年9月，Bitfloor交易中心也被黑客入侵，2.4萬比特幣(約相當於25萬美元)被盜。