連戰和馬英九意見不合早有淵源。早在2004年總統選舉，國民黨候選人連戰因總統陳水扁突「身中兩槍」，在原本大好形勢下以些微票數落敗。正當大批連戰支持者冒雨連夜在台北集會支持其提出「選舉無效」申訴時，時任台北市長馬英九卻下令驅散集會民眾，埋下連馬隔閡的種子。

及至2005年7月，民進黨執政期間舉行的國民黨主席選舉，立法院長王金平與台北市長馬英九兩人競逐，有當地電視台拍到時任國民黨主席連戰手中選票，選的是王金平非馬英九。雖然馬英九最終以72%得票率擊敗王金平，但心底難免再生芥蒂。

今年初，連戰以國民黨榮譽主席身分到訪北京，與新當選的中共總書記習近平會面，商定「一個中國，兩岸和平，互利融合，振興中華」16字箴言。但馬英九隨即在台北否認曾經授權連戰與習近平達成該項「共識」。其後，傳出馬英九欲參加10月在印尼峇里島舉行的亞太經合會議(APEC)峰會，但大陸表示「馬英九身分不適合」後，台灣當局派前任副總統蕭萬長作代表，而非連續參加了5屆APEC的連戰，亦引來連馬不和揣測。