台灣「海研五號」沉船事件不只對台灣的海洋研究是一大損失，對於國軍秘密研發的中程地對地彈道飛彈的最後關鍵階段來說，也是一大打擊。
海研五號曾經在軍方裝置陣列雷達，作為代號「雲峰」中程發彈試射的彈道追蹤船，那次試射台灣成功完成1,200公里的測試，等同於從李登輝時代經陳水扁到馬英九三任總統軍方研發的中程彈道飛彈已經研發成功，剩下來就是最敏感的量產階段。
只不過，在最重要的量產時刻，總統馬英九在美國和中國大陸的壓力下，卻主動喊停。因關鍵技術、陀螺儀、尋標器及重大零組件都掌握在美方手中，造成台灣面臨斷料的危機，不得不把國軍最機密的武器研發拆解成兩個小組，針對火箭推進器和遙測技術精確性繼續做突破。
台灣中程飛彈真正落實到軍方的研發始於1996年台海危機之後，當時李登輝重啟蔣經國時代留下來的「天馬計劃」，繼續在中程飛彈方面突破，由美方的技術小組提供台灣在關鍵性零件和技術上的協助。2000年陳水扁就任後，更以反飛彈技術的名義，大量引進美國、俄羅斯、以色列等國的專業技術及半成品，進行「層系計劃」與「探空計劃」，主要是對中程飛彈載體的火箭作技術性突破，在2002年第一次試射，但火箭才射出就垂直落海。
整個中程飛彈的研發到了陳水扁下台前的2008年，軍方已經完成火箭的試射，射程在垂直高度上已經達到中程飛彈所需的向下俯衝點。
馬英九上任後，兩岸關係進入蜜月期，中程飛彈的研製也進入了消極階段。軍方有意在海研五號的配置上，於甲板隨時裝上陣列雷達，預計做最後的實測，用海研五號的電子設備追蹤飛彈實測軌迹，在經過1,200公里的實測後，已經正式宣示台灣擁有彈道飛彈。
然而，就在突破所有困難後，馬英九卻決定暫時不量產，並把研發人員拆解成兩組，納入「國防專技小組」與「強弓計劃」。國防專技小組專門於遙測技術的進一步研發，強弓計劃則在於將現有的1,200公里射程增加到2,000公里。這很明顯就是擱置了雲峰中程飛彈的量產，將研製人員進行冷卻拆分，雲峰再度步上了蔣經國時代天馬計劃的後塵。
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