正是《評清宮秘史》發表的1967年，全國形勢急轉直下，武漢的群眾組織派系鬥爭失控，發生「七二○」事件，後被定性為「反革命暴亂」；8月1日《紅旗》發表兩篇社論，一篇題為〈向人民的主要敵人猛烈開火〉，另一篇〈無產階級必須牢牢掌握槍桿子〉，提出「揪出軍內一小撮」的口號，令鬥爭矛頭轉向解放軍，全國多地軍隊秩序大亂，令毛十分不滿。中央文革小組的王力、關鋒、戚本禹三人，就是作為「揪出軍內一小撮」的主要提倡者而隔離審查。

上述社論經新華社播發後全國報刊轉發，影響甚大。戚本禹說，「軍內一小撮」最早在批判大將羅瑞卿時已經提出，陳伯達、王力、關鋒是主力推手，「雖然我沒參加這兩篇社論寫作，但是我的思想和他們是一致的」。

戚本禹承認，這是他的「工作錯誤」，「這是嚴重的方向性錯誤，錯在沒有把毛主席思想理解好」。「因為毛主席從來沒有這麼說過。軍內當然有軍內的問題，但是這個時候毛主席路線與劉少奇路線的鬥爭還沒有取得完全勝利時，又把『軍內一小撮』當做運動的主要方向，把文革運動的矛頭指向軍內，這就轉移當時運動的大方向，嚴重干擾了毛主席的戰略部署。」戚本禹強調，這個錯誤應由陳伯達和王、關和他自己負責，不能由毛主席負責，「毛主席對我們的批評是完全正確的」。

「錯在沒把主席思想理解好」

戚本禹始終覺得，毛澤東發動文化大革命是為了反對修正主義、打倒貪腐，建設共產主義，歸根到柢就是為了老百姓的利益。

戚本禹也認為毛澤東從來主張文鬥不要武鬥，從來沒指示學生打教師、剃人陰陽頭等。