儘管只是新生事物，但彈幕電影可能涉及的放映版權、彈幕言論等法律問題已被提出。主辦者稱對評論內容有兩重過濾，律師亦稱，評論中一旦出現違法言論，責任人將是發言者本人，主辦者不會被追究。

至今放映的3部彈幕電影，都是由片商自己發起或委託完成，有些還未經簽約。對於版權問題，北京德和衡律師所律師姚克楓回答鳳凰娛樂時稱，彈幕被指破壞版權作品完整呈現的問題，如經版權者同意，則沒有問題，但若未經版權方同意，則可能出現違約問題。

對於彈幕評論可能會出現粗口、人身攻擊，甚至涉及政治上的敏感內容，《秦時明月》片商表示，評論有審核機制，一條評論需先經電腦過濾，再由編輯人為篩除敏感詞，從發出信息到彈幕出現會相隔5到10秒。而由於彈幕是透過手機短訊發出，出現問題通過手機號碼追究發訊人。《小時代3》彈幕承辦方則擁有一個敏感詞庫，包括不文明用語、商家廣告、人身攻擊等，透過自動審核彈幕延時不超過1秒。姚克楓表示，如有人在評論中發表違法言論，公安機關追究的不是主辦者，而是發布人。