除學術打假，反中醫是方舟子的標籤之一。「中醫的某些具體療法是有用的，但中醫理論不是科學的理論。」方舟子說，「我不是全盤否定中醫，而是主張『廢醫驗藥』；這套像是玄學的中醫理論應該拋棄，但如果通過科學檢驗，某些藥物能用某些療法可行還是可以保留」。2010年，就中醫是否科學的問題，他更與著名醫生鍾南山展開激烈論戰。

最近，讓方舟子備受攻擊與質疑的，是其支持基因改造農產品的立場。今年，曾任職於央視的著名節目主持人崔永元，就此問題與方舟子發生罵戰。上周三(23日)，兩人因名譽權糾紛而對簿公堂。

方舟子公開食用基改大米；去年，在推介一款基改粟米的活動上，他更呼籲，應創造條件讓國人可天天吃基因食品。

在內地多個地方強力拆除地方教會教堂的背景下，方舟子的反基督教立場，被質疑與政府行為高度配合。周日在廣州舉辦無神論論壇的方舟子，直指基督教在內地的傳教方式，以「神創論」思維來對抗「無神論」，對中國的現代化轉型造成阻礙。

「有人說我這麼推崇科學精神，科學會不會變成一種宗教？」方舟子說﹕「永遠不可能。科學是要講證據的，而科學最重要的是懷疑精神，有懷疑精神就不會盲從。」