雖然哺餵母乳能為嬰兒( 包括早產和患病嬰兒) 提供最完全的營養，但在罕見情況下醫學界並不建議哺餵母乳或擠出的乳汁，醫生應為個案作評估，按母親接觸的環境因素、母親的身體狀況或疾病、或嬰兒的健康狀況或疾病而決定應該停止、暫停或根本就不應開始哺餵母乳。
以下是美國疾病控制與預防中心(Centers for Disease Control and Prevention、簡稱為CDC) 提出的指引。
不應哺餵母乳或擠出的乳汁
( 甲) 嬰兒被診斷患上『半乳糖血症』(galactosemia)：這是一種罕見的遺傳性代謝疾病，病患不能正常將半乳糖代謝，飲食中的乳糖經由酶分解成半乳糖與葡萄糖，患有半乳糖血症的患者，分解半乳糖的酶不足或完全缺失，累積到有毒濃度的1- 磷酸半乳糖，會導致肝臟腫大、肝硬化、腎衰竭、白內障、腦損傷以及卵巢衰竭等，新生兒患有半乳糖血症的死亡率高達百分之七十五。
( 乙) 母親受到愛滋病病毒(human immunodeficiency virus、簡稱HIV) 的感染， 但每個國家可能有不同的指引。
( 丙) 母親受到人類T 淋巴細胞I 和II 型病毒(T-cell lymphotropic virus type I or type II) 感染。
●母親懷疑或已證實受到伊波拉病毒(Ebola virus) 的感染。
● 母親正使用毒品， 例如苯環己哌啶(phencyclidine、簡稱PCP)、可卡因(cocaine) 等。例外的是倚賴鴉片類毒品的母親，若正接受受監督的美沙酮(methadone) 治療中、並已通過檢查沒有受到愛滋病病毒的感染和沒有服用其他毒品是可哺餵母乳。
暫時不應哺餵母乳或擠出的乳汁
( 甲) 母親患上布魯氏桿菌病(brucellosis)。
( 乙) 母親正接受某些藥物治療：雖然很多藥物都會進入母乳，但大多數對乳汁的供應和嬰兒的健康都沒有已知的不良影響，很少藥物會令母親不宜哺餵母乳。
如同為所有病人開處方藥物時，醫護人員為正哺餵母乳的母親開處方藥物時也應衡量藥物的好處和副作用。如有疑問，正哺餵母乳的母親應向家庭醫生、婦產科醫生、兒科醫生或藥劑師查詢。
( 丙) 母親需要接受使用放射性藥物的身體檢查。
( 丁) 母親正患有乳房單純皰疹病毒(herpes simplex virus、簡稱HSV) 的感染：母親可用另一邊沒有受感染的乳房哺餵母乳，但先要將受感染的那邊乳房上的患病部位完全掩蓋，以防將病毒傳染給嬰兒。
當醫生確定乳汁是可以安全餵給嬰兒後便可繼續為嬰兒哺餵母乳或擠出的乳汁，在暫停哺餵母乳期間，母親應接受支援，學習保持分泌乳汁的方法和使用消毒的捐贈人乳或嬰兒奶粉餵食嬰兒。
不應哺餵母乳、但可餵食擠出的乳汁
( 甲) 母親正患有肺結核病：通常在母親接受約兩周的治療、並確診不再會傳播病菌後是可繼續哺餵母乳。
( 乙) 母親正患有水痘病：在分娩前五天至分娩後兩天發病。
預防經空氣或身體接觸而傳播疾病的措施需要將母親和嬰兒暫時分隔。
在這段時間，嬰兒可由另一位照顧者餵食擠出的乳汁。
當醫生確定母親不再會傳播病菌後便可繼續哺餵母乳，在暫停哺餵母乳期間，母親應接受支援，學習保持分泌乳汁的方法。
