台灣島內藍綠統獨之爭從1990年代開始延續至今，今次爭議更突顯彼此截然不同的史觀，教科書則一直隨執政者的意識形態改動。

從李登輝積極建立台灣史觀，逐步切斷台灣與中國關係，到陳水扁在台獨意識形態下進一步「去中國化」，而在馬英九主政台灣後，又逐步改回以蔣介石父子推動的「大一統中國史」觀念。

1996年，時任總統李登輝力主編訂「認識台灣」教科書，積極建立台灣史觀，肯定和美化日本殖民統治，同時將國民政府視為「外來政權」，也把清朝與中國視為外國，制訂被質疑是「皇民化」教科書。

陳水扁上台後，教科書更在「台獨」意識形態下進一步「去中國化」，甚至創立中華民國的孫中山也被當作是「中國古代的外國人」。

扁去中國化 馬去台灣化

李、扁執政的10多年，「去中國化」的教科書，把台灣史和中國史並列，令台灣學生搞不清自己是不是中國人，國民黨認為這荼毒了幾代年輕人，但是被民進黨趕下台的國民黨卻又無可奈何，因為修改教科書是屬於中央政府權限。直到2008年馬英九當選總統後，國民黨終於開始大刀闊斧修改教科書。

此次的修改教科書又引來綠營一片「去台灣化」、「矮化台灣」的撻伐之聲。有分析表示，如果下一次的總統大選是民進黨執政，教科書又會被改回去。這是政治影響教育的典型例子。