近數年稅局的審核個案大幅上升，尤其就HST及薪俸扣稅(Source deductions)方面；最大的理由當然是稅局要保障國庫收入，而省與聯邦商業利得稅及銷售稅的相繼合併，原先為安省稅務部的僱員被稅局吸納，亦使其能處理更多個案，加上近2年新電腦系統的使用，使稅局更易鎖定審核對象，這一切皆令稅局更有力執行稅例，防止漏稅。
稅局抽查審核對象方法主要有4個。
電腦軟件分析：
現在，大部分個人稅表也是經互聯網申報；商業利得稅表，若公司營業額在100萬元以上，由2010年起，也必須以電子形式申報；資料不經人手直入電腦，要軟件分析誰是與眾不同，十分容易，一般而言，同業公司的資料會被互相比較，「突出」者被審核的機會便較大。
以公司為例，若公司的娛樂開支佔營業額的比例遠高於同業，被稅局審核娛樂開支的機會便較大；另一個常見例子，是HST稅表與利得稅表所申報的營業額有所不同，亦是被審核的誘因。
稅局近年更新電腦系統
個人方面，近年稅局更新電腦系統，使其能比較某人每年所申報的項目，因此，若在某年突然申報大額免稅額，如捐款及學費等，稅表被審核的機會便很大。
特別審查行動：
稅局會定期檢討各行業申報收入的情况，若有懷疑，會同一時問審核某地區，甚至全國同一行業的業者，近期則有地產從業員。
線報：
資料來源可能來自其他個案的審核過程，甚至匿名舉報。
有關連公司審核：
被審核公司的子母、姊妹等公司，甚至商業伙伴，若稅局認為有需要，也會因利成便，一併審核。
一旦被稅局選中為審核對象，亦不需太擔心；大部分情况下，審核員也不會帶上有色眼鏡進行審核，換言之，納稅人在審核員找到錯處前，也是被視為全無錯處；事實上，經審核後，稅局找不到錯處絕不為奇，並不如很多人的誤解，審核員必須查出一些漏報項目來「交功課」。
訂下15項最基本納稅人權益
為確保納稅人的權利受到適當保護，稅局訂下15項最基本納稅人權益(Taxpayer Bill of Rights)，上載在稅局網站供市民參考；其中，數項是常被忽略，而值得詳細討論條款：
第三條，納稅人的私隱必須受到絕對尊重及保護。
稅局只有權查看被審核的個體，與申報入息稅有關的資料，其餘的，納稅人不應，亦不需要提供，最常見的例子，在審核公司帳目時，要求公司股東提供個人銀行紀錄，審核個人稅表時，稅局亦不應要求配偶的財務資料。
第五條，納稅人必須被尊重、禮貌、及公平地對待。
審核員不是「官」，要求獲得公平尊重的對待並非單為面子，而是出於實際考慮；稅例充滿灰色地帶，引用者的不同理解，可帶來相反結果，有偏見的審核員，只會有害無益；曾有經驗，客戶被審核多月，不斷被告之所提供的資料不足，在害怕將被重罰下，要求協助，在與該審核員的第一次會面時，他劈頭第一句是：「我知道他們做小生意的瞞稅手法……」，單就此說話，我們要求撤換審核員，審核在2周內完成，客戶並沒有欠稅；不過，必須承認的是，大部分稅局人員也是專業的。
第七條，納稅人若不同意稅局評稅，在個案獲滿意的客觀覆檢前，不需繳納有關稅項。
覆檢前追討部門已開始發通知
近月發現稅局在追討欠稅方面更有效率，很多情况下，在收到改動或覆檢要求前，追討部門已開始發出通知，在此情况下，應立即致電有關部們，通知他們，自己要求改動或覆檢的意願，以防他們採取進一步行動，例如凍結戶口等，不過，須注意，雖然納稅人在覆檢有定論前不需繳稅，但假若結果是納稅人敗訴，除欠稅外，亦須支付由最初評稅結果當天開始計起的利息。
第十二條，納稅人有權要求因特殊情况而欠稅的罰款及利息。
與英美等地不同，加國稅局不能與納稅人討價還價，換取他們更快接受評稅結果；或確保他們能負擔欠稅免至破產，令稅局一無所得，欠稅額一律按稅例計算，例外的是，若果欠稅罰款或利息是由於天災，或嚴重疾病導致，納稅人可要求豁免。
有權聘用自己選擇代表
第十五條，納稅人有權聘用自己選擇代表。
一個誤解的是，聘用代表好像代表自己有問題，稅局會更詳細進行審核；一個比喻是聘用代表律師，並非是自覺有罪，如上文所述，加國稅例有很多灰色地帶，可供人作不同客觀解讀，一個不經意的答案，可帶來意外後果，或至少把審核時間拖長，明智的做法，是接到審核通知時，立即知會閣下的特許會計師。
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