本月21日在台灣出現首宗武漢肺炎確診病例後，各機場都對入境的旅客全面進行篩檢，全台各大醫院都上緊發條，深怕17年前沙士(SARS)疫情再現，尤其是春節旅客及返鄉人潮，或造成大規模傳染，各醫院舉行防疫演練。台灣當局提醒，如近日有前往武漢地區者，回台14日內，出現發燒或呼吸道症狀，應主動告知醫護人員以供確切診斷。另台灣的行政院長蘇貞昌下令，口罩暫時停止出口，優先供應台灣需求。

台灣的�擎硈§N武漢肺炎新增為第五類法定傳染病「嚴重特殊傳染性肺炎」。其中高雄醫學大學附設醫院日前模擬一位自武漢返台的病人，因發燒自行到該院掛急診，醫生針對「有無發燒、旅遊史、職業、接觸、群聚」等問題全部訊問後，只要一發現病人有發燒，醫護人員隨即將疑似病例送至急診負壓區，由全身穿戴防護裝備的醫護人員進一步做採檢。

高醫院長侯明鋒表示，該院每年皆會舉行新興傳染性疾病防疫演練多次，這次為了防範武漢肺炎在春節期間擴散，特別在前夕加開演練。侯又呼籲市民應謹記「勤洗手、戴口罩、據實以告」十字口訣，出入公共場所盡量佩戴口罩。因應武漢封城，台灣當局將中央疫情指揮中心提升至二級開設，並備份4500萬個外科口罩，蘇貞昌也下令：「口罩暫時停止出口」另經濟部也已正式公告，周五起暫時停止口罩出口一個月，以優先供應台灣防疫需求。

根據統計，台灣每天能生產188萬個口罩，最高還可以達244萬個，平常台灣需求是130萬個，政府目前也有存貨，經濟部會每天跟四大便利店系統確認口罩存量，確認貨源充足。便利店也推出優惠價格，讓市民方便採購做好預防及自主管理。