與廈門一水之隔的台灣金門，年初便與廈門溝通金磚峰會期間的小三通以及治安等工作，台灣傳媒報道，福建省8月曾派人到金門協調安保。台灣與金門縣政府其後決定，對峰會前後赴廈門的小三通旅客證件增加審查。 縣長：汲取「世大運教訓」 台灣「上報」網和《中國時報》報道，金門縣長陳福海親自擔任專案小組負責人，指示警方一定要「滴水不漏」，特別提醒「記取台北世大運的教訓」，提高警覺、料敵機先，充分掌握各種可能危及治安的因素。金門當局自8月25日至9月6日，對原本的台灣居民金門──廈門「落地簽」增加預審制，前往廈門者台胞證若非在效期內，必須持金馬證(金門、馬祖居民來往大陸通行證)及身分證明，在金門櫃台提出簽證申請，經廈門當局審核許可後才能購票搭船。同時，金門也加強旅客安檢、走私和偷渡查緝，甚至空中飄浮物、航拍機、爆竹煙火等危險物品、無主舢舨等也列入管制。
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