韓國國立大學份屬國家機關，但校長遴選原則上屬校內事務，總統一般會根據校方決定作出任命。教育部3年前要求各校採用間選制選出校長，引起輿論擔心政府從此有權干涉候選人和任命，影響大學自主。
1987年，盧泰愚政府時期因應民主運動勢不可擋，發表了《6·29宣言》，宣布連串民主改革措施，成為韓國歷史轉捩點。國立大學從此也引入校長直選制，由教授一人一票選舉產生校長。全國43所國立大學中，只有韓國科技學術院、韓國鐵道大學、蔚山科學技術大學沒有實行直選制。
政府3年前改制
循直選制誕生的校長獲一定程度的教授擁護，有利管理校政，也避免了校長獨斷獨行或政府干涉。不過，一些大學卻衍生教授拉朋結黨競爭現象，參選者濫開空頭支票、當選者浪費大學財政等問題引起非議。例如，2011年3月，慶南昌原大學校長選舉的參選人送禮給同事，涉嫌賄選而受檢控。2012年，教育部發表「國立大學先進化方案」，批評校長直選機制弊端，要求各國立大學成立第三方機構，專職處理任命和投票。
這套間選機制要求大學方面由提出候選人起便須知會教育部，批評者指這可能出現政府當局阻撓不屬意的人士參選、獲任命的情况。釜山大學一直力抗教育部，至今年6月成為全國唯一仍奉行直選制的大學。
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