中方反對有前設調查 否認「刻意不給」數據
美國有輿論指新冠源頭懷疑涉及中國的「實驗室泄漏」，政府在下令情報機構對新冠病毒溯源的同時，又支持世衛組織(WHO)到中國展開第二階段溯源，但均遭中國強烈反對。按中國外交部的說法，中國反對「政治溯源」、「情報溯源」，反對違背世衛大會決議另起爐灶的溯源，亦反對拋棄中國-世衞組織新冠病毒溯源聯合研究報告的溯源；中方支持科學溯源。
除官方反對，中國專家學者亦有出聲。國家衛健委副主任曾益新說，今年3月30日世衛發布「中國-世衛組織新冠病毒溯源聯合研究報告」，認為新冠病毒「極不可能」通過實驗室傳人。專家組在武漢28天，「去了所有他們想去的單位」，「會見了所有他們想見的人」，包括醫務人員、實驗室人員、科研人員、商戶、居民、康復患者等。曾益新認為，世衛第二階段溯源計劃，包括將「中國違反實驗室規程造成病毒泄漏」這個假設作為研究重點之一，「我們不可能接受」。
中國-世衛組織聯合溯源專家組中方組長梁萬年則表示，最初病人的原始數據從來沒有「刻意不給」。「國外一些人特別提出來，說我們沒有提供早期174例病人的數據。但其實這些數據當時已經給專家組看了，只不過沒有允許拷貝(複製)和拍照」。梁萬年說，這是因為國內有規定，涉及個人私隱的數據不得外泄。
中科院武漢國家生物安全實驗室主任、武漢病毒所研究員袁志明稱，2019年12月30日之前，武漢病毒所沒有接觸、保藏和研究過新冠病毒；亦從來沒有設計、製造和泄漏新冠病毒；目前為止武漢病毒研究所的職工和研究生保持新冠病毒「零感染」。
美國國家情報總監辦公室8月底發布的溯源報告要點，指屬下情報機關無法就新冠病毒源頭得出一致結論，也無法就新冠病毒是否由實驗室泄漏達成共識，但可以確定的是，它不是一種人工研發的生化武器。與此同時，北京當局也在國內外不斷提出另一個觀點，懷疑新冠病毒來自美國軍方的德特里克堡(Fort Detrick)生物實驗室，要求對這家機構和美國其他的本土或海外實驗室溯源。
另外，中國專家還提到境外冷鏈傳播入華的觀點。中國疾控中心病毒病預防控制所所長助理劉軍表示，中外專家發現華南海鮮市場與冷鏈貨物有關的攤位，其確診比例顯著較高——測出陽性環境樣本的21家攤位中，有16家涉冷鏈產品。中國疾控中心中國現場流行病學培訓項目主任馬會來也表示，青島去年10月出現的疫情，證明是透過境外冷鏈輸入，而且還首次從冷鏈產品外包裝分離出新冠活病毒，成為冷鏈傳播的直接證據。
