太空人選拔主要從政治思想質素、身體情況、心理質素、知識和技能4個方面進行全面考核評定。在初選前，所有太空人會共同訓練；初選完成後，4名太空人被挑選作重點任務訓練，最後再選出兩人，並在地面實驗艙作33天的1:1模擬訓練。 央視報道，載人航天工程航天員系統副總設計師黃偉芬介紹了選拔太空人的經過，她說，去年9至10月會完成初選的各項考評體檢檢查工作，12月完成初選，今年6月完成定選。 在初選前，所有太空人一起共同訓練，初選完成後，4名太空人被挑選作重點任務訓練，定選完成後他們會作強化訓練和任務準備。 飛行任務完成的好壞，不僅與太空人的個人質素和技術水平相關，而且與組員之間能否密切配合、團結一致、高效運轉有更大的關係。 由於這次兩名航天員需要在狹小密閉的環境相處33天，因此考核人員更加注重兩人的心理相容性，並由對他們很熟悉的人評價，包括飛過的太空人、跟他們密切接觸的管理人員、教員、醫生等。 針對神十一的飛行任務變化，太空人還針對性訓練飛船及組合體技術、手控交會對接等，尤其加強了體質、航天環境適應性、失重防護、醫學處置和200多個應急故障處置等訓練。
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