1961年10月1日，香港警方在羅湖截獲一名右腿打石膏的男子，搜查後發現他身懷巨款，且石膏內有一微型菲林底片，內容與中共特務有關，後經政治部嚴刑拷問，男子供出接頭人是時任警察訓練學校副校長的曾昭科。

10月6日，港英政府宣布曾昭科懷疑替北京做間諜，被扣查58日之後，在未經公開審訊下曾被遞解出境，經羅湖返回內地。曾昭科被指是潛伏於警察內部的間諜，負責蒐集高度秘密情報，透過在澳門的幕後指揮，把情報交到中國政府手上。

情報助周恩來避過暗殺

「曾昭科間諜案」當年轟動全港，被廣泛報道。曾是港英當時級別最高的華籍警務人員，曾在英國受訓。案發時他任助理警司，精通英、日、粵及普通話的曾昭科，因槍法精準曾被選為港督葛量洪的隨身保鑣。

據報道，曾昭科特務生涯中最著名的一次情報，是關於有台灣間諜在國務院總理周恩來外訪的專機上安裝了炸彈，他將消息通報內地，令周避過了暗殺。因此，他在被遞解出境後當年(1962年)的10月1日，便出現在北京天安門國慶觀禮台上。

曾昭科的人脈社交圈，與香港及內地政經名流多有交集。有報道稱，曾在銅鑼灣警署任署長期間，曾提拔過前任特首曾蔭權及前警務處長曾蔭培之父曾雲。內地著名地產商人王石在2006年出版的自傳《道路與夢想》中亦有提及曾昭科，稱在學習外語期間，結識了時任暨南大學外語系主任的曾，並通過他充分了解香港。不過昨日告別儀式現場，並未見到曾蔭權或王石贈送的花圈。

傳提拔曾蔭權父 任葛量洪保鑣

不過，2002年3月全國「兩會」時，有份與會的曾昭科接受香港傳媒訪問時曾說，「我仍然是香港人，行政長官董建華應為我平反昭雪﹗」