雖然建造自動船的技術條件已經大致具備，但自動船要在全球廣泛應用，仍有很多問題需要克服。 對自動船來說，關鍵能力是能夠感應和傳達周圍環境的能力，以避免在航行期間發生意外。自動駕駛船舶雖有眾多感應器協助控制中心評估周邊情况和加強安全，但應變能力難與有人駐船相比，萬一船舶在偏遠海域遇上突發事件(例如遭海中巨型生物擊中或某設備失靈)，船公司難以即時應對。 另一方面，自動船主要依靠電腦或控制中心遙控，難保黑客有機可乘，入侵系統後控制船舶劫走貨物，甚至控制它發動恐怖襲擊。另外，與無人車不同，自動船理論上可駛達全球所有海域，但國際航運條例對是否允許這些船出航、如何投保及如何判定發生事故時的責任人等等問題，還沒有清楚規定。各國如何協調設立國際法規將是一大考驗。
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