台灣交通部長葉匡時等官員周四早上赴澎湖處理善後。葉匡時強調，復興空難發生時天氣適合飛機升降，空難原因有待飛安會調查。民航局亦表示，客機出事時，天氣符升降標準，風速無超限飛機升降航空公司規定。

葉匡時和民航局長沈啟等官員上午6時在松山機場，乘搭復興航空到澎湖處理善後工，並在馬公機場聽取相關簡報後並召開會議，針對後續的搜索和善後協調工作做出指示。他表示事故調查需時，據他理解過空難發生時的氣像資料後確認，當時天氣符合飛行安全規定。葉匡時又說，交通部連同民航局會有10人小組前往現場處理救災工作。

台灣民航局副局長李萬里表示，只要風速沒有超過限度，而機場又開放，就是符合起降標準，飛機是否要降落，由機長依據當時實際天氣情況決定，因為每種機型起降標準程序不同，每家航空公司訓練飛行員執行進場的高度也不同。