據了解，馬英九總統13日曾致電國民黨榮譽主席連戰，希望連戰勸說立法院長王金平回到黨內向廉能會提出申訴，並保證絕對不會干預廉能會的決定。馬英九堅持王金平必須為關說事件道歉，但連戰也要求馬英九須為九月政爭以來的政局紛擾道歉，才顯得對等、公平。

最後，馬英九接受連戰的主張，以14日馬、王兩人共同舉行記者會向社會致歉，作為協商的前提；連戰與國民黨另一名榮譽主席吳伯雄也會一同參加記者會。

據指出，經溝通之後，王金平透過幕僚轉告連戰，已經知道馬英九的想法，但是王金平自認沒有關說，也沒有道歉的理由，國民黨考紀會造成的錯誤，也沒有道理要王金平自己提出申訴來彌補。但王金平在14日最後期限仍堅持不申訴，國民黨只好低調表示尊重與惋惜。