調查顯示，緊急避孕藥的有效率約為85%，也就是說大約15%的姑娘在吃了避孕藥後仍然會懷孕。吃了避孕藥，但是避孕失敗後懷孕是否會影響胎兒？長期服用緊急避孕藥是否會增加天兒出生缺陷的概率？
藥物如何影響胎兒取決於胎兒發育的階段以及藥物的濃度與劑量。著床前期，即受精卵受精後2周內，使用大多數藥物，即使是致畸藥物，存活胚胎的畸形發生率和未服用者相似，因為此時胚胎細胞是全能細胞，損傷輕者可被其他細胞替代而正常存活，損傷較重者無法修復則會死亡，臨床上也稱此期為「全或無」時期，即此期用藥，藥物對胚胎影響大則會導致胚胎死亡，如果少量受損，胚胎仍可以發育成正常個體。但晚期胚囊著床後，即受精兩周後，藥物可能會干擾胚胎或胎兒組織器官的正常分化。
需要注意的是，在受精3-8周內，胎兒對於出生缺陷是非常敏感的，此時正處於器官發育時期。這個時期胎兒接觸到藥物可能會導致流產、明顯的出生缺陷或者在以後生活中發現微小的永久性缺陷。胎兒器官發育完成後用藥一般不會導致明顯的出生缺陷，但可能改變正常形成的器官和組織的生長及功能。避孕藥避孕失敗後孩子是否能要這個問題，需視乎用藥時間是否在「全或無」時期內。
緊急避孕藥通常在同房後72小時內吃，一般同房後24-72小時形成受精卵，受精卵形成7天后著床。而在受精後的2周內，胚胎還只是個未分化的細胞團，這時用藥，任何藥物對胎兒的影響都只會是「全」或「無」。不過需要指出的是，緊急避孕藥不能取代常規避孕方法，一般建議一年內服用次數不要超過兩次，如果經常吃，會導致不規則陰道流血、月經紊亂等。
另外還有一些人，吃藥的時間是推後的，也就是說，已經懷孕了，受精卵形成已經兩周以上，自己不知道，又服用了緊急避孕藥，如果只是偶爾一次，目前沒有對胎兒的已知傷害；如果多次反復服用，對胎兒的影響就難說了。
這裡插播一個小常識，目前經常採用的美國FDA給孕期用藥的分類是：A、B、C、D、X。A類用藥就是孕期沒有問題。B類用藥是沒有證據證明有問題，也就是說是可以用的。C類用藥是動物實驗對胚胎有致畸作用，沒有明確人類實驗的，這種藥我們叫權衡利弊，就是說要權衡受益度。D類用藥是有證據證明對胎兒可能有危險，這種藥一般臨床就禁用了，除非為了母體不得不使用藥物。X類藥物是實驗證實對胎兒有危害，這種藥是禁用的。當然，也不是說使用了有致畸風險的藥物就一定會胎兒畸形，同樣沒有使用任何藥物，也有發生胎兒畸形的可能。
緊急避孕藥中激素成分通常使用人工合成的激素，而並非天然激素，屬於X類，反復多次使用可能對胎兒造成影響，如女胎男性化，生殖道畸形等問題。也就是說，口服避孕藥主要影響的是胎兒的生殖系統，如果有其他畸形，不一定是口服避孕藥引起的。
目前常用的複方短效口服避孕藥均為低劑量避孕藥，如果漏服造成意外妊娠，「全或無」同樣適用，當然，如果在妊娠期間不小心偶然服用了避孕藥，對胎兒也沒有已知的危害。
需要指出的是，人工流產對婦女身體傷害不小，因此，對於避孕失敗後懷孕是繼續妊娠還是終止，夫妻雙方要鄭重，一定要到正規醫院進行諮詢，參考有經驗的醫生根據具體情況所提出的合理建議，方能將風險減少到最低。
