最常見的商業稅務糾紛，不外乎漏報收入和多報支出等。稅務專家馬雲指，稅務局對連年虧損的情況，或以現金交易為主的行業，會特別敏感。
馬雲舉例：曾有開設娛樂公司的監製，為捧紅一名新人，每年投入大量資金力捧，該藝人卻怎樣也紅不起，於是公司連續4至5年都在虧損，遭稅務局調查。
她指出，稅務局認為公司從一開始便虧損，因此不是一盤生意，不是真正的虧損；不過，若公司能證明這是行業現象便可以，「你要是真正的虧損，稅務局是會允許通過的；若你連着幾年去虧損，稅務局會看一眼。」
稅局另一個重點調查對象，就是「地下經濟」(underground economy)，即未向政府申報，以現金交易為主的經濟活動。馬雲任職稅務局時，曾在相關部門工作，她指，當稅務局認定某一行業(如美甲和餐飲)是以現金交易為主，若店舖東主只申報信用卡和銀行卡的收入，稅務局便會估算其現金收入；因推測金額通常較實際的高，東主明白會得不償失，這時便要如實申報。
地產經紀提供的回佣，也是稅務局的目標，馬雲指，這些經紀肯定希望盡量多扣稅，於是沒有如實申報佣金收入，「例如一名經紀做成一宗交易，賺了3萬元，再回佣1萬元給客人。經紀在報稅的時候，就不會填3萬元，因為只賺了2萬元，但這是不對的。」她指，兩筆款項應該分開申報，1萬元當作是轉介費(referral fee) ；又如經紀私下送客人一套價值5千元的家具，便應其當作是宣傳費(promotion fee)，但稅務局對這些費用很敏感，在查帳的時候會要求查證，如果金額不合理的話，會要求經紀提供客人資料，局方致電客人查證。
「但如果你是地產經紀，你會肯把你的客人名單交出嗎？」馬雲說，若客人得知經紀被稅務局調查，便不會再光顧該經紀；因此經紀肯定不會交出名單，「即便他真的給了5千元的家具，也不會給(名單)。」稅務局這時便可拒絕承認這筆款項，經紀唯有「硬食」。
自僱人士給家人出糧，是另一個重點調查範圍；馬雲說，若薪金金額較市價高出太多，稅務局或會懷疑發薪者是為獲得更多扣稅，而「報大數」。還有老人看孩子的費用也必須注意，「老人本身是沒有生活能力的，你才有照顧者扣稅額(caregiver amount)，現在你又反過來說，老人幫你照顧孩子，抵扣了一些費用，矛盾吧？這兩項不能同時申請報銷。」她說這種現象在華人社區非常普遍。
