孔丹與秦曉少年時是北京四中的同學，自幼相識，並一同創立了西糾聯動紅衛兵組織，孔丹是司令，秦曉是宣傳部長。

孔丹曾引薦秦曉入中信

長大後，孔丹在八十年代中擔任當時分管中信和光大兩個集團的張勁夫的秘書，加上其老大哥、時任中信業務部副總經理的王軍的力邀，但光大創辦人王光英的主要助手李新時和劉基輔則極力勸說他到光大，結果孔丹加入了光大，但同時將秦曉推薦給王軍，秦曉因此加入中信任中層，一直做到總經理。

不過，隨着時序的流轉，兩人的政治觀念漸行漸遠，秦曉認為現代社會不是國強民富、大國崛起，而是體現在包括自由、理性、個人權利等啟蒙價值為支撐的市場經濟、民主政治及法治社會的框架上。

相反，孔丹則堅持自己始終是中共黨組織的一員，批評秦曉「你是共產黨員就不能說脫離組織的話，否則你就別當共產黨員。」他指摘秦曉批判富國強兵是民族虛無主義，同時又指秦曉稱「五四」以來思想解放軍動被救亡運動阻斷，改革開放又被發展主義政府阻斷的言論，是歴史虛無主義。終於，兩人在2012年中爆發爭論。據稱，當時孔丹指摘秦曉是給領導添亂，秦曉質問對方，「是真的聽不到百姓的呼聲，還是聽到了仍然如此平靜無動於中」。孔丹反問：「你的意思不就是要共產黨下台嗎？」

澄清沒謾罵 「我們完全可以談」

秦曉接着說：「同學啊，你怎麼連我們從小一起長大的同學的話都聽不進去。」孔丹反問：「你還是共產黨員不是了，你還有信仰沒有？」秦再說：「那你有信仰沒有啊，你把你的老婆孩子全放到美國去，那你有信仰嗎？」

孔丹後來澄清，他和秦曉雖然就中國應該走哪條道路拍案而起，但沒有謾罵，只有爭論，並強調：「我和秦曉完全可以談的。」