針對「大陸轉機」要報准，大學校長認為「完全沒必要」，兩岸間學術交流幾乎不涉國家安全，且過去也沒發生嚴重洩密事件，只因一、兩個案就要求報備，這種作法讓人感覺政府有意對學術單位做出政治性限制，「非常奇怪」。

交大副校長陳信宏說，轉機報備「麻煩且完全沒必要」，學術交流哪會涉及國安，政府口口聲聲說推進兩岸交流，但種種小動作都顯示並非如此，如果真把事情弄成這樣，學校與對岸正式學術交流都只敢「低調、低調、再低調」，怕又被扣上涉及國家安全、承認一中的大帽子。

台科大校長廖慶榮直說，轉機報備實在「不需要」，畢竟不論兩岸關係如何，學術單位還是要多交流。但他認為學界少有到大陸轉機，政策應不致造成實質影響，但還是不免讓人感到，政府有意限制學術單位與對岸交流。

台中一中校長陳木柱說，過去民眾到飯店住宿要登記身分，現在這情況少，就因時代在變，社會應越來越開放，而不是倒著走。他表示，社會多元開放，人民有遷徙自由，像所謂共諜案都很難避免，他實在想不出「走回頭路」，能為國家帶來什麼進步。

此外，與大陸互動頻繁的南投縣縣長林明溱認為，行政院針對公務及特定人員赴陸政策，連過境都要報准，這樣做對不對？端視蔡政府基本思維。「如預設兩岸會開戰，那這樣做是有道理的。但民進黨真認為這場戰爭會打嗎？或想把台灣帶回以前冷戰、敵對狀態？」這與蔡英文「維持台海和平及兩岸關係穩定與發展」主張，是不是有著嚴重的牴觸？