國防部表示，針對台南高雄地區地震，國防長高廣圻指示國軍全力救援，參謀總長嚴德發上將進駐國軍聯合作戰指揮中心，陸軍八軍團於台南市成立前進指揮所，八軍團指揮官季連成與台南市長賴清德於永大路大樓倒塌處指揮國軍部隊救援。

國防部指出，目前在現場參與救援的部隊計有陸軍564旅、54工兵群、陸軍砲訓部、陸軍203旅、陸軍特戰指揮部、陸軍飛訓部約400名官兵，後續將陸續投入所需兵力。國防部表示，國軍會盡全力盡快救援受困民眾。

另外，經過日本「三一一」大地震一役，不少台灣人在今晨大地震後，都即時擔心位於屏東的第三核能發電廠會否受到影響。廠方經詳細檢查後稱未發現異狀，目前正常運作。

為免造成損害擴大，台南市曾文溪以南各行政區則暫時停水供水，等災害清查完畢再逐步恢復供水，約有40萬戶受影響。水公司第六區管理處已動員全體員工全面清查所有淨水及供水管。