與葛洲壩落成對中華鱘重返產卵地的嚴重影響、大壩水輪機絞死中華鱘及長江流域漁民捕撈及誤傷相比，另一個導致中華鱘數量劇減的原因是長江水質在過去三、四十年間的嚴重污染。 內地科學家自2001年起不斷地在長江中發現畸形和無眼的中華鱘幼魚。危起偉表示，野生幼魚眼睛缺陷率為1.2%，軀體畸形率為6.3%。而這種畸形和無眼幼魚以前幾乎未見過。 或因船舶塗料工廠排污 長江水產研究所和北京大學城市與環境學院的胡建英教授團隊的研究顯示，這種畸形與三苯基錫化合物有關，而三苯基錫多用於船舶塗料、木材防腐。該化學物質在江水中雖含量極低，但透過食物鏈放大，可以在魚體中濃縮到很高濃度，並透過母子傳遞。 科研人員透過三苯基錫顯微注射西伯利亞於中華鱘受精卵，以重複這一致畸過程。除船舶塗料等帶來的污染，更多水質污染來自於長江沿岸城市生活污水和工廠排污。據環保部《2012年環境統計年報》，僅長江中下游流域就排放廢水124.2億噸。 雌雄比例失衡礙繁殖後代 危起偉說，除了前述的畸形幼魚，近年來還出現中華鱘性別比例失調和精子質量下降的情况，專家們認為這些情况也與水質污染息息相關。 中華鱘研究所所長高勇介紹，在允許科研捕撈的那幾年，常常撈不到雄性中華鱘。物種延續的理想情况應是雌雄比例1：1。但危起偉稱，研究表明，從2003年開始，中華鱘的雌雄比例一路走高，2003年達到5.86:1，2005年達到了7.40:1，現在已是10:1，而且雄魚的精子活力也在下降。這意味着即便雌魚產下大量卵子，也因無法受精，種群難以繁殖。
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