馬興瑞中央委員的身分，令深圳市委書記的地位首次高於省會廣州的市委書記。但他上任不足1年，光明新區泥頭堆填區發生重大塌泥事故，國務院調查組認定是一宗特別重大生產安全責任事故。馬興瑞和市長許勤被通報批評，不過事件並未對2人仕途造成影響。

2015年12月20日，深圳市光明新區紅坳泥頭堆填區發生塌泥事故，造成73人死亡，4人失蹤，17人受傷，33棟建築物被損�牷B掩埋。國務院派出調查組到深圳，經歷半年多的調查，對深圳110名責任人員提出處理意見；馬興瑞和許勤被通報批評，並被要求向廣東省委、省政府作出深刻檢查。調查報告發布後，馬興瑞在深圳市委常委會議和全市領導幹部會議上向遇難者和失聯人員家屬、受傷人員鞠躬道歉。他表示堅決擁護國務院的調查和處理決定，誠懇接受批評和處理。

這次通報批評，一度引來馬興瑞官位不穩的猜測，深圳官場還流傳接替馬的人選。去年12月馬興瑞調離深圳，出任代理省長，仕途似乎並無影響，傳言亦變成「馬興瑞將更上層樓」。許勤今年3月亦調任河北省長，並主管習近平倡導的雄安新區建設。