面對有禽傳人風險的H5N6禽流感延燒，專家認為，第一波防疫措施只限花蓮水禽不得運出，雞隻其實是H5N6主要感染對象，卻未受到管制，農委會防疫手段有缺失。假如疫情難以阻擋，政府應考慮禁止全國禽隻屠宰一周，且有異樣就撲殺，藉此才能根除病毒。 台大獸醫專業學院名譽教授賴秀穗指出，當時花蓮發現首例感染H5N6的幼禽，第一波防疫措施僅限鴨、鵝等水禽不得運出花蓮，雞隻等陸禽卻可以運出去，但禽流感不是只傳給鴨鵝，從國際疫情發現，雞隻才是主要感染對象，雞未受到管制恐有散播風險，此防疫作為有缺失。 賴秀穗表示，目前防疫單位的做法都還停留在舊思維，在疫情發現地或發現的禽場周圍幾公里進行採驗圍堵，還要等待檢驗確診才撲殺，實在太慢了，假如疫情持續延燒，難以阻擋，政府應考慮禁止全國禽隻屠宰、運送，而且一發現有異就立即撲殺，才能徹底根除入侵台灣的病毒。 賴秀穗指出，由於H5N6禽流感可能有潛伏期，禁宰令須維持7天以上，相關法規也有授權只要疑似有症狀即可撲殺，不必再等待檢驗。 《不能戳的秘密》導演李惠仁質疑，花蓮幼禽確診H5N6時，已有一批超過3000隻的鴨從花蓮送到宜蘭屠宰，最後該批鴨隻也確認感染H5N6，但沿路運送走了208公里，就怕病毒早已擴散，沿途不曉得經過多少養禽場。
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