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中華白海豚是瀕危動物，受《保護瀕危動植物物種條例》及《野生動物保護條例》所保護。漁護署在2016年7月發表報告，指在大嶼山附近水域所錄得的中華白海豚數目由2014年的87條跌至2015年的65條，而大嶼山東北水域更一條不剩，首次絕?，估計與港珠澳大橋等工程有關；不過，大嶼山西南的白海豚數量卻錄得反彈，負責撰寫報告的香港海豚保育學會會長洪家耀估計，東北水域白海豚社群已瓦解，部分搬到非最適合的西南水域，他憂慮三跑工程展開將雪上加霜。

三跑工程展開 西南面出沒數量反彈

近年大嶼山東北的白海豚不斷減少，由2011年約11條，暴跌至2012年約3條，之後一直下跌，至2015年度更錄得零出沒。翻查資料，港珠澳大橋的工程便是於2012年動工。洪家耀指白海豚遷居並非好事，以往西南水域出沒的白海豚數量不多，顯示該處並非最適合地點，「即係已經無地方住，唯有搬到西南水域」。他又說，港珠大橋完工後，大嶼山以北水域沒足夠時間恢復生態，機場三跑又告動工，意味「白海豚歸家無期」。

政府稱環境監察報告顯示大橋工程附近的空氣、噪音和水質均屬正常水平，生態大致穩定，認為沒有證據顯示海豚數目減少與工程有關。