提倡及擁護喝生奶的人認為消毒過程會破壞奶內的多種營養素，但這些都是沒有科學根據的，相反，喝未經消毒的奶會為健康帶來負面的影響。
由於奶的中性酸鹼度(neutral pH)及高營養和水含量，它為細菌繁殖提供理想的環境。奶來自動物體內一個無菌的環境，但從擠奶的一刻開始，奶就可能從動物的乳房、皮膚、糞便、擠奶用具、及在處理、運送和儲存過程中受到細菌污染，細菌污染不能從肉眼看得出來，到察覺時細菌已繁殖到一定的數量，巴斯德殺菌法(Pasteurization)能將絕大部份的細菌殺死，殘餘的細菌通常都不會對人體的健康帶來不良的影響，研究顯示生奶比經消毒的奶含顯著更多會致病的細菌，將奶雪藏能減慢生奶和經消毒的奶內細菌的繁殖。
生奶內含會致病的細菌，包括彎曲桿菌(Campylobacter)、沙門氏桿菌(Salmonella)、大腸桿菌(E. coli)、貝氏考克斯菌(Coxiella burnetii)、隱孢子蟲(Cryptosporidium)、小腸結腸炎耶爾森菌(Yersinia enterocolitica)、金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、核細胞增生性李斯特菌(Listeria monocytogenes)等，受感染後的症狀與其它食源性疾病(foodborne illness/disease)相若，包括嘔吐、腹瀉、脫水、頭痛、腹痛、噁心、發燒等，這些細菌也可導致嚴重的疾病，包括吉蘭—巴雷綜合症(Guillain-Barre syndrome，是一種罕見的病，患病後，人體自身免疫系統會攻擊周圍神經，可能會導致近乎完全癱瘓和呼吸困難)、溶血尿毒癥綜合症(hemolytic-uremic syndrome，又稱溶血性尿毒綜合症，是由於溶血性貧血而引發的急性腎損傷和血小板數量下降的綜合症)、流產、反應性關節炎(reactive arthritis)、慢性炎症(chronic inflammation)等、甚至會導致死亡。
任何人喝了含致病細菌的奶都會生病，但孕婦、兒童、長者和免疫功能減弱的人的危險較大，在所有疾病爆發(outbreak)中，超過一半發生在一歲以下的小童。
食源性疾病是兩個或超過兩個患病個案是因食用任何相同的飲食，在1993至2006年間的美國，共有4413個與奶製品相關疾病的檢報，其中百分之六十(共121個疾病爆發)是因食用未經消毒的奶製品(包括奶和芝士)，若只計飲用奶而導致的爆發，百分之八十二是因飲用生奶，只有百分之十八是飲用經消毒的奶。在同一時期，飲用經消毒的奶只得一個死亡個案、而飲用生奶則有兩個個案，之後在有三個報告個案，飲用生奶的人入住醫院的比例是飲用經消毒的奶的人的十三倍，相關的爆發事件、入院及死亡率都是相當高，尤其是只有百分之三至四德美國人飲用未經消毒的奶。最近的報告顯示食用生奶和芝士比食用經消毒的奶和奶製品染病的風險高八百四十倍、而住院的風險高四十五倍。
現時，世界多個國家禁止售賣未經消毒的奶供人飲用，包括澳洲、加拿大、蘇格蘭等，及在美國的二十個州，在美國，容許售賣未經消毒的奶供人飲用的州所出現的疾病爆發數目正在上升。加拿大聯邦政府在1991年立法禁止買賣未經消毒的奶，而加拿大是七國集團(Group of Seven，簡稱G7，是主要工業國家會晤和討論政策的論壇，成員國包括美國、英國、法國、德國、日本、意大利和加拿大七個發達國家)中唯一禁止售賣任何未經消毒的奶和奶製品。
